Pour les fichiers détectés, vous pouvez les effacer automatiquement selon plusieurs critères (le plus ancien, celui au nom le plus court, le plus petit ...), exporter une liste de ces fichiers ou demander confirmation de la suppression pour chaque fichier détecté. Dans ce cas, une fenêtre apparaît et vous permet notamment d'exécuter le fichier sélectionné pour vérifier qu'il s'agit bien d'un doublon ou d'explorer son dossier. CloneSpy offre également la possibilité de constituer deux groupes contenant chacun un ou plusieurs dossiers. Vous pouvez alors scanner l'un ou l'autre, ou comparer les deux.
