Une fois installée, l'application se loge dans les Préférences Système. FanControl ne se substitue pas complètement au système de régulation automatique des ventilateurs (ce qui pourrait poser de gros problèmes de stabilité), mais permet tout de même de modifier la vitesse de rotation de base des ventilateurs, ainsi que les seuils de déclenchement de ceux ci. Trois curseurs sont disponibles pour celà, et un graphique permet d'observer leur effet de manière visuelle.
