Si les gestionnaires par défaut des systèmes d'exploitation sont simples, ils ont le désavantage de manquer d'ergonomie. FreeCommander s'adapte aux besoins de l'utilisateur, et simplifie le tri des fichiers.

FreeCommander propose un affichage en double panneau. L'utilisateur peut ainsi ouvrir deux dossiers simultanément sur le même écran, et si besoin transférer les fichiers de l'un à l'autre. Une visionneuse est intégrée à l'interface. Il suffit de cliquer sur un fichier pour l'ouvrir sans avoir à utiliser d'autres applications. De même pour les fichiers archive. Il est également possible de faire des screenshots. Ce logiciel propose un grand nombre de fonctionnalités, sans être trop gourmand en mémoire vive. L'utilisateur peut par exemple comparer les fichiers et les synchroniser.

Le logiciel s'adapte aux besoins de l'utilisateur. Il est possible de modifier à loisir la taille des fenêtres et l'affichage de fichiers. Certains bugs d'affichage (l'image saute de temps en temps) peuvent perturber l'utilisation. La multiplicité de fonctionnalités risquera également de perdre l'utilisateur débutant.