Covid-19 : une approche computationnelle pour prévoir les prochaines mutations et préparer les prochains vaccins

13 janvier 2022 à 13h11
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Test Covid © Pexel / Polina Tankilevitch
© Pexel / Polina Tankilevitch

Des chercheurs sont parvenus à mettre au point une approche informatique inédite, qui permettrait de prédire les futures mutations dans les protéines du SARS-CoV-2, ou Covid-19. La méthode, également applicable à d'autres épidémies, pourrait aider à préparer de prochains vaccins.

Une équipe de recherche du Laboratoire de biologie computationnelle et quantitative (LCQB) composée de membres de l'IBPS - Sorbonne Université et du CNRS a publié, le 12 janvier 2022 dans la revue PNAS et en partenariat avec l'Université de Lausanne, des travaux détaillant une approche dite computationnelle. Celle-ci pourrait aider à prévoir les nouvelles mutations dans les protéines de la Covid-19 (ou SARS-CoV-2), susceptibles d'apparaître dans les futurs variants du virus. Ces travaux, qui pourraient révolutionner la recherche autour du virus aujourd'hui pandémique, vont encore plus loin.

Une méthode basée sur l'anticipation, capable de statistiquement prévoir l'apparition de nouveaux variants

L'Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), qui a commenté les travaux, rappelle que tous les variants aujourd'hui connus de la Covid-19, Delta et Omicron compris, présentent un schéma caractéristique de mutations génétiques. Ces mutations peuvent renforcer la transmissibilité du virus, et ainsi réduire l'efficacité des vaccins et des traitements à base d'anticorps. La clé, pour les chercheurs, c'est donc l'anticipation. « Anticiper les mutations encore inconnues qui pourraient apparaître dans les futurs variants (…) est devenu un enjeu majeur ».

Sous la houlette de Martin Weigt, professeur à Sorbonne Université et en collaboration avec l'Université de Lausanne, une équipe de chercheurs du LCQB a donc scientifiquement documenté une nouvelle approche informatique visant à prédire la mutabilité de toutes les positions individuelles dans les protéines du SARS-CoV-2.

Leur méthode consiste à utiliser un seul génome du virus, en le combinant avec des séquences génomiques d'autres coronavirus. Les chercheurs indiquent que les prédictions obtenues sont « cohérentes » avec la variabilité actuelle des protéines de la Covid-19, qui a évolué ces deux dernières années, ce qui suggère donc que le modèle mis au point est capable de prévoir statistiquement l'apparition de nouveaux variants.

Des prédictions qui peuvent aboutir à de nouvelles solutions thérapeutiques et vaccins, même au-delà de la Covid-19

Les prédictions de l'équipe de recherche ont ensuite été combinées avec des données immunologiques, ce qui a permis aux chercheurs d'observer qu'Omicron mais aussi d'autres variants sont enrichis en mutations, dans des positions dangereuses dans le domaine de liaison au récepteur de la protéine Spike, qui rappelons-le est la clé qui permet au SARS-CoV-2 de pénétrer dans nos cellules. Les scientifiques ajoutent que cette protéine joue un rôle central à la fois dans la liaison, la fusion et l'entrée du virus dans les cellules hôtes humaines, et qu'elle reste la cible principale des thérapies par anticorps.

La protéine Spike demeure aussi la cible dans le cadre du développement de futurs vaccins. « Cette observation peut contribuer à orienter la conception de nouveaux vaccins ou de thérapies par anticorps qui combattront les futurs variants du SARS-CoV-2 en ciblant des positions moins mutables mais immunogènes », précisent le CNRS et Sorbonne Université.

Plus fascinant encore, les résultats présentés dans l'article des chercheurs, qui se concentrent ─ et c'est fort logique ─ sur la Covid-19, peuvent aussi s'appliquer « à de potentielles futures épidémies causées par de nouveaux pathogènes viraux », nous disent-ils. Les prédictions effectuées peuvent en effet être disponibles à un stade précoce d'une éventuelle épidémie, avant même que de substantielles quantités de données expérimentales ou observationnelles ne soient disponibles. Ces méthodes aideront ainsi à prévoir la variabilité future des virus.

Source : PNAS (Article de recherche)

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Neustrie
Ils seront super sympas de le tester sur eux avant, car cet article me fait plutôt peur, j’ai l’impression de lire des recettes d’apprentis sorciers.<br /> @+
Arthur_12
On va pas se faire piquer sans cesse, faut vivre avec le virus. Que les personnes à risques et âgées aient le choix, serte, mais pas toute la population tous les six mois…
Kratof_Muller
L’IA si elle est capable d’aider à comprendre des mutants pourrait également en proposer de nouveaux.
Gweegoo
Espérons que cette fois, ils n’oublieront pas de se laver les mains avant de rentrer chez eux!
clockover
Sauf que ce n’est justement plus les personnes à risque qui engorgent les hopitaux.<br /> Donc ça ne fonctionne pas.
Gabr0x
L’IA n’a qu’une seule utilité actuellement; le profit financier et seulement celui-ci
sirifa
Les hôpitaux ne sont pas dimensionnés pour cela (20 ans de politique d’économie), donc votre «&nbsp;liberté&nbsp;» est synonyme de sur-population hospitalière et donc de délais, voir de non prise en charge de certaine pathologie, et aggravation d’autre.<br /> Tout ca pour dire qu’avant de vouloir ne plus avoir un vaccin (qui selon les données n’est pas problématique), il faut augmenter les places à l’hôpital et donc les impôts ou accepter de moins bien se faire soigné.<br /> Vivre avec le virus, pour le moment ce n’est pas possible. Le port du masque n’est même pas respecter (chose pourtant simple) alors libéré le virus à tout va ferra surement beaucoup de mort (et pas que du COVID directement).<br /> Pour moi le discours «&nbsp;On va pas se faire piquer sans cesse&nbsp;» est un discours de personnes égoïste à l’heure actuel. Une piqûre tous les 3 ou 4 mois c’est pas la mort.
Kratof_Muller
sauf, si comme moi et d’autres que je connais avons eu des effets indésirables embêtants et dont les effets persistent ( certes amoindries). Dans mon cas otite séreuse douloureuse qui a duré presque 3 mois ( cortisone …) et a commence une semaine apres la 1ere injection pour atteindre son sommet 10 jours (pendant 3 semaines) âpres la deuxième soit 50 jours après la 1ere. Je précise : je n’ai jamais eu d otites (hormis très gros rhume et ça durait 3 jours et ça m’est arrive pas plus de 3 fois en 40 ans), mais maintenant je suis devenu très sensible, L’ORL m’a confirmé que les vaccins pouvaient enflammer les muqueuses. Donc les effets indésirables étant minorés, je ferai au mieux d attendre le dernier carat pour une (hypothétique) 3ème dose. Témoignage d un covidé de la 1ere vague : 3 semaines à 39° et 6 mois de plus pour récupérer mon souffle, l’omicron est une promenade de santé à coté et j’ai moins de 50 ans.
sirifa
«&nbsp;Témoignage d un covidé de la 1ere vague&nbsp;» → il semble à ce que le lien SRAS-CoV-2 et surdité : connaissances actuelles et conduite à tenir – Blog SERINITI dit que le covid pourrait (ce n’est pas encore prouvé) causé des problèmes auditif.<br /> Est-ce que le vaccin à stimuler quelque chose ? (je suis pas médecin j’en sais rien)<br /> Une question avez-vous déclaré les symptômes à l’ARS ou au fabriquant du vaccin ? (c’est important pour que la recherche avance).<br /> Vous faites partie peut être des gens qui ne devrait pas être vacciné (et c’est dommage pour vous). Demandez une exemption, mais la très grande majorité de la population n’a pas de réaction importante (d’où la nécessité de se déclarer pour avoir des bons chiffres).
drozdi
Vous n’avez pas de bol ou êtes fragile ORL et n’y pouvez pas grand chose.<br /> Le problème c’est qu’on navigue dans les suppositions. Peut-être aussi que c’est votre 1er covid qui a affaibli justement la partie ORL.<br /> Quand on lit, on se dit quand même que votre 1er covid ne vous a pas réussi et que c’était pire que le vaccin.<br /> On oublie beaucoup les covid longs / à effets secondaires qui ont eu lieu, hors stats eux aussi.<br /> Bon rétablissement en tout cas.
drozdi
@sirifa<br /> Il aura vu une vidéo de Christian Vélot qui fait des suppositions tirées par les cheveus. ça demande de se faire vacciner et de choper le covid en même temps et que le virus se combine à une protéine Spike qui se promène. La logique étant qu’il y a énormément de vaccinés donc de potentialités, selon lui, que ça arrive. Sauf que ce type de combinaison est hautement improbable, jamais vu même. La charge virale descend également plus vite chez les vaccinés.<br /> Et surtout, les combinaisons se font tellement plus naturellement chez les personnes infectées par le covid itself qu’il y a vraiment pas besoin de ça pour avoir + de variants.<br /> La vidéo en question où il explique ça d’ailleurs est un cas d’école, pendant presque une heure il explique plein de trucs intéressants et vérifiés sur les virus, les vaccins etc pour finir sur une hypothèse très personnelle, histoire que ça passe mieux derrière toute la science réelle envoyée avant.
sylvio50
clockover:<br /> Sauf que ce n’est justement plus les personnes à risque qui engorgent les hopitaux.<br /> Intéressant.<br /> Tu as un lien d’un article fiable là dessus ?
ABC
Les cas covid en réanimation sont actuellement en immense majorité des non vaccinés. Pour les cas de mortalité on frôle les 100% de non vaccinés.<br /> Vaccinez-vous ! Par pitié pour vous, pour les soignants, pour les malades d’autres pathologies qui ne peuvent plus être soignés, pour la sécurité sociale et pour nous tous ! Ne faites pas comme les frères Bogdanov qui ont avalé tout cru les balivernes du savant fou de Marseille et qui en sont morts.<br /> Maintenant pour revenir au sujet, les vaccins actuels sont déjà très efficaces contre les formes graves. Pas sûr que de sortir un vaccin optimisé grâce au «&nbsp;computationnel&nbsp;» permettra de convaincre les quelques pourcents de sectaires réfractaires à tout qui nous pourrissent la vie avec leurs délires complotistes. Certains spécimens dans les commentaires du dessus… Et c’est pire dans les forums de la presse nationale ou des réseaux sociaux. Militer contre les vaccins tue. Je pense qu’ils faut sanctionner ceux qui font du prosélytisme.<br /> Les vaccins optimisés contre les variants existent déjà. Avec l’ARNm c’est très rapide, ça prend quelques semaines. En fait c’est l’intérêt de les mettre sur le marché comparé aux solutions en place et le temps de l’homologation qui sont les plus longs.
clockover
Il n’y pas besoin d’article quand on nous martèle (et pas qu’en France) que les non vaccinés sont plus que majoritaire à l’hôpital… et que c’est confirmé par des chefs de services un peu partout.<br /> Et qu’à cause de cette situation d’engorgement on est obligé de confiner/reporter des soins/choisir des malades/etc…<br /> Quand 5 millions de Français occupent plus de la moitié des lits de réanimation actuellement. Imaginez si ils étaient 70 millions.<br /> C’est donc bien EUX qui engorgent les hôpitaux donc OUI le vaccin est très utile et OUI il faut vacciner massivement.<br /> C’est pourtant pas compliqué à piger.
sylvio50
Je n’ai pas dû comprendre ton post alors. Ma question portait sur les personnes qui ne sont pas à risque. Tu as dis que ce n’était «&nbsp;plus les personnes à risque&nbsp;» qui engorgé les hopitaux, d’où ma question concernant le lien vers un article fiable qui affirmait ce que tu dit. Si j’ai bien compris, tu t’ai trompé en disant cela ?<br /> Nota : Je ne suis pas l’actualité lié au COVID (depuis longtemps d’ailleurs).<br /> P.S.:<br /> donc OUI le vaccin est très utile et OUI il faut vacciner massivement.<br /> euh, ce n’est pas ce que je t’ai demandé il me semble ?. Je pensais que tu m’apprendrais quelques chose, mais finalement, non. Bref. @+
Kratof_Muller
Effectivement c’est peut être le vaccin, mais l’ORL m’a également dit que j’ai pu acquérir une sensibilité aux reflux gastriques, du coup et c’est bien ainsi, je mange moins gras et moins sucré, je fume moins et clairement ça a amoindri les symptômes pharyngés et autres inflammations liées du circuit ORL, en somme un bien pour un mal ^^
sylvio50
@ clockover,<br /> clockover:<br /> Sauf que ce n’est justement plus les personnes à risque qui engorgent les hopitaux.<br /> Pour mettre les choses au clair de mon coté, pour moi :<br /> Ce sont les personnes à risque et non vaccinées qui engorgent les hopitaux.<br /> Mais de toute façon, Clubic n’est pas le bon endroit pour parler de cela. Trop de bêtises seront dites sur le sujet. Préfère Doctissimo si tu veux en parler.<br /> Bref, pour ma part, je vais m’arrêter là.<br /> @+
clockover
«&nbsp;Sauf que ce n’est justement plus les personnes à risque qui engorgent les hopitaux.&nbsp;»<br /> Voila ce que j’ai dit.<br /> Il me semble que c’est assez clair pour être compréhensible.
benben99
Un prétexte pour forcer une quatrième, cinquième dose, puis une dose tous les mois?
benben99
Et Si j’ai oublié mes clefs ce matin, c’est aussi la faute du vaccin? <br /> Vous fumiez comme une cheminée et blamez votre otite sur le vaccin… Le vaccin a le dos large
Kratof_Muller
Non, ni plus ni moins et L’ORL a fait une remontée, ça reste suspect mais également hypothétique, on ne sait pas.<br /> Ce qui serait bien, justement et pour revenir au sujet serait que l’IA soit capable de simuler et établir ce genre de problème.
sirifa
Les tests en réel ont toujours été une étape importante pour voir la vrai vie et pas juste dans des conditions très contrôlé (in vitro), des conditions pas complètes des petits groupes de test.<br /> L’IA pourrait faire plus de relation avec un maximum d’interaction avec d’autres pathologies, médicaments ou molécules dans l’environnement du patient.<br /> L’IA pourrait aussi faire des projections la quantité des doses, la quantité des adjuvants, les posologies (nombre de rappel, durée entre les rappels)
EnLighter
Les chercheurs indiquent que les prédictions obtenues sont « cohérentes »<br /> Merci pour cet article qui a réveillé mon humour noir. J’imagine la conférence de presse de l’industrie pharmaceutique après une campagne de vaccination annonçant «&nbsp;bonne pioche&nbsp;» ou «&nbsp;mauvaise pioche&nbsp;» en fonction des prédictions <br /> @sirifa<br /> sirifa:<br /> Les hôpitaux ne sont pas dimensionnés pour cela (20 ans de politique d’économie)<br /> C’est bien le fond du problème depuis le début. Mais cela ne justifie pas qu’il faille tout miser sur un produit expérimental alors qu’il était possible d’utiliser tout le spectre des solutions avec intelligence et discernement.<br /> sirifa:<br /> Vivre avec le virus, pour le moment ce n’est pas possible.<br /> C’est officiellement faux depuis l’apparition d’Omicron et de mon point de vu bien avant en prenant certaines précautions.<br /> sirifa:<br /> Une piqûre tous les 3 ou 4 mois c’est pas la mort.<br /> Nous verrons.
vincentd75
On est sur clubic et on a des experts en épidémiologie jusqu’ici. Il faut se vacciner coûte que coûte disent certains?<br /> Combien de morts du covid de moins de 50 ans SANS comorbidités? Quasiment aucun.<br /> C’est faux de dire que la majorité hospitalisés ou en réanimation sont non vaccinés. La moitié sont des vaccinés!! Dixit les médecins dans les hôpitaux.<br /> Janvier 2021, zéro vacciné, on plafonnait à 50.000 cas/jour. Janvier 2022 un an plus tard, 90% de vaccinés d’après leurs dires et on plafonne à 400.000 cas.<br /> Plus on vaccine, plus il y a de cas et la conclusion de certains fous, pardon, épidémiologistes de clubic, c’est de vacciner encore plus.<br /> Gibraltar, pays vacciné à plus de 99%, la courbe grimpe en flèche. L’Espagne, la Finlande on Norvège ou la Suéde, je ne sais plus, encore un autre pays que je n’ai plus en tête veulent laisser le virus s’installer et traiter cela comme une grippe.<br /> Quand on a 400.000 cas par jour, comment voulez-vous contrôler le virus?<br /> Je rappelle que ce n’est PAS un vaccin mais une thérapie génique en phase expérimentale jusqu’en mi-2023.<br /> Je rappelle que ce simple «&nbsp;vaccin&nbsp;» qui est une thérapie génique a fait PLUS d’effets secondaires que TOUS LES vaccins réunis depuis leur existence. On n’a jamais vu cela dans toute l’histoire de la vaccination.<br /> Je rappelle que Israël les médecins commencent à dire que c’est un fiasco complet, que la vaccination ne marche PAS et qu’il faut arrêter de toute urgence la voie dans laquelle ils sont pour laisser le virus vivre et devenir endémique mais surtout utiliser les médicaments à disposition pour soigner.<br /> Le pass sanitaire n’a JAMAIS empêché la circulation du virus pour la simple et bonne raison que MEME vacciné, on peut attraper le covid et le transmettre. Les meilleurs exemples sont les ministres du gouvernement qui mentent, qui incitaient tous à se vacciner, il suffit de revoir leurs déclarations mensongères qui disaient une fois vacciné le nombre de cas va s’écrouler de lui-même, que plus personne ne pourra attraper ni transmettre le virus, or c’est TOUT l’inverse, vacciné ou pas, on transmet de la MEME manière le virus.<br /> Autrement dit le pass sanitaire et maintenant vaccinal, offre un permis à des gens vaccinés de contaminer tout le monde mais empêche les non vaccinés de vivre alors qu’ils contaminent BEAUCOUP moins puisqu’ils sont interdit de TOUT depuis juillet.<br /> Depuis juillet en tant que non vacciné, je n’ai plus le droit de mettre les pieds nul part, fini le tgv, fini le théâtre, le restau, etc… Donc comment des non vaccinés qui sont interdits de tout, peuvent contaminer? Pourquoi le nombre de cas explose alors que les non vax sont interdit de tout? Tout simplement parceque ce sont les VACCINES qui font circuler le virus et contaminent tout le monde.<br /> Je rappelle que notre appartenance à l’UE oblige la France à fermer des lits. Donc on vient nous dire que les hôpitaux sont saturés, mais macron a fermé 5700 lits en 2020 en pleine pandémie et combien en 2021, nous ne le savons pas encore mais certainement autant.<br /> Donc accusés les non vaccinés d’encombrer les hôpitaux et de les rendre responsables de tout, TOUT EN fermant des lits à hauteur de 5700 en 2020, est au mieux de la bêtise, au pire de l’inconscience.<br /> Je rappelle qu’on nous a dit que la covid remplissait les hôpitaux, or tout cela n’était que mensonge puisqu’il a été révélé qu’en réalité, les patients covid en 2020 n’ont représenté QUE 2% des hospitalisations !!!<br /> A entendre lems édias et les menteurs sur ce forum, les hôpitaux n’ont quasiment que des lits remplis de covid. C’est 100% FAUX, la covid dans un hôpital ne représente que 2% des lits. Tout le reste concerne les autres pathologies. Pas moi qui le dit mais un rapport officiel.<br /> Quand on n’a même pas un diplôme de médecine, ni même d’infirmier, et qu’on se permet de traiter de gourou ou de d’escroc ou de charlatan un des plus grands spécialistes mondiaux de la virologie, Raoult, je crois qu’on atteint des sommets dans la konerie. Ca reviendrait à dire que Michel Platini ou Zidane n’y connaît rien en foot.<br /> TOUS les médecins de plateaux TV qui au lieu de soigner passent leur temps à la télé, se sont TOUS trompés. Ils annonçaient des millions de morts, les moins pessimistes des centaines de milliers de morts. Chaque fois ils prédisent que la prochaine vague sera encore plus meurtrière, sauf que chacune l’était un peu moins que la précédente.<br /> Ils voulaient enfermer à tout va, masques sur le nez en extérieur, sur la plage où à la montagne sur les pistes de ski, le délire complet et total. Aucun cluster au monde n’existe en extérieur. Les masques sont totalement inutiles. D’ailleurs le virus est tellement petit qu’il passe à travers les mailles, il faudrait que nous soyons tous avec un FFP2 avec lequel tu ne peux presque plus respirer.<br /> Si ce virus était si mortel, croyez-vous qu’on fermerait des lits? Croyez-vous que macron et sa clique serait CONSTAMMENT sans masque lors de leurs réunions? On a toutes les photos et vidéos de ces gens là, toujours sans masques entre eux. Si ce virus était mortel façon Ebola, ils seraient les premiers avec des FFP2 sur le visage, or ils ont un simple masque en tissu.<br /> La grippe de 1917-18 a été réglée en 2 ans. Au bout de 2 ans, le virus s’éteint de lui-même et se transforme en gentille grippe. Pareil pour la grippe Chinoise de 1970. 2 ans plus tard, tout était fini. 2 ans après, le covid avec omicron devient si faible qu’il faut laisser le peuple s’immuniser naturellement.<br /> Se piquer tous les 3-4 mois, même l’oms et les plus grandes sociétés de médecine le disent: vous allez flinguer l’immunité du corps qui ne va plus répondre. Un vaccin c’est 10 ou 20 ans. Un vaccin que tu dois renouveler tous les 3-4 mois n’est plus un vaccin mais un traitement.<br /> Traiter des gens NON malades, SANS symptômes est une folie, une hérésie. Aujourd’hui des vaccinés courent faire la queue pendant des heures pour se faire tester pour voir s’ils ne seraient pas positifs. Je répéte tellement c’est du délire: des gens qui vont BIEN, vont se tester pour savoir s’ils sont positifs au covid.<br /> Nous avons des milliers de virus, des milliers de maladies, qui va le matin à sa pharmacie se tester pour savoir s’il ne serait pas positif au tétanos, à la polio, à la grippe porcine, à la diphtérie, à la coqueluche, etc… C’est Docteur Knock. Je vais bien, mais je vais aller me tester pour savoir si dès fois je n’irais pas mal.<br /> On peut régler cette pandémie en appliquant 2 choses:<br /> interdiction des tests. Fini, on arrête avec ça. Même l’inventeur des tests PCR disait que ce n’était pas fait pour ça !!!<br /> interdiction des médias de parler du covid.<br /> En appliquant ces deux principes, la fausse pandémie au covid est réglée. Or on maintient un très haut niveau de peur dans la population avec des médias devenus fous qui parlent matin midi et soir de la covid, on demande aux gens de se tester, de s’isoler, à des gosses de 5 ans de porter un masque pendant 8h, on apprend à des gosses qu’au moindre nez qui coule, à la moindre toux, il faut vite courir se tester, s’isoler, s’enfermer chez soit. Ces gamins terrorisés seront demain des adultes devenus hypocondriaques. Ces futurs adultes seront terrorisés à la moindre toux, fonceront au toubib pour un oui pour un non.<br /> Et on le voit ici-même des fous rendent responsables des gens SAINS, qui refusent de se faire injecter une thérapie génique en phase expérimentale pendant encore minimum 1,5 an, sans aucun recul, pour une grippe qui, principalement, emporte les vieux de 85 ans.<br /> Je ne parle pas du covid long, un très long rapport officiel d’une société médicale a rapporté que la quasi majorité des malades du covid long étaient en fait des troubles psychiques. Des gens qui continuaient à s’auto-persuader d’avoir des symptômes, d’aller mal, des hypocondriaques en somme qui se voyaient avoir de la fièvre, avoir du mal à respirer, alors qu’en réalité après test, ils n’avaient rien d’autre que des symptômes psychiques. Oui oui le fameux covid long, il y a aussi eu des enquêtes médicales poussées qui ont mis le doigt sur le problème.<br /> Certaines personnes après avoir eu le covid ou même sans l’avoir eu mais en ayant eu un rhume, sont persuadés qu’ils vont mourir, qu’ils ne guérissent pas, qu’ils vont toujours mal, qu’ils ont la fièvre, qu’ils ont chaud, qu’ils ont mal ici, à la tête, aux pieds. Sauf que tout cela, sauf exception, est dans la tête.<br /> Il faut vivre, ce virus échappé volontairement d’un labo P4 à Wuhan est avec nous pour l’éternité. Soit on arrête ce cirque et on revit comme avant, soit c’est le masque à vie, le contrôle social, la piqouse tous les 3 mois, les tests pcr toutes les semaines, les 3 tests dans le nez pour des gamins qui sont juste cas contacts, bref le délire complet.
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