Voilà déjà deux mois qu'elle est entrée en vigueur, la facturation électronique continue son bonhomme de chemin, mais connaît encore des dysfonctionnements. Si l'État assure que la situation s'améliore, des factures restent bloquées entre les plateformes agréées. Un sénateur s'inquiète désormais des conséquences possibles sur la trésorerie des entreprises.
Des factures qui n'arrivent pas à destination, des plateformes qui peinent à communiquer et des règlements susceptibles de prendre du retard. La réforme de la facturation électronique, entrée en vigueur le 1er septembre, connaît ses premiers accrocs. Dans une question écrite publiée jeudi 5 novembre, le sénateur Ronan Le Gleut demande au gouvernement s'il envisage de suspendre les prochaines étapes du déploiement et comment il entend protéger les entreprises contre d'éventuels blocages de paiement.
Cette alerte intervient alors que la réforme vient d'échapper à une exemption pour les petites entreprises, votée puis effacée par le rejet du budget 2027. Au-delà de ces débats, plusieurs chiffres et retours d'expérience permettent déjà de comprendre ce qui coince réellement.
De 12 % à 3 % de rejets : les plateformes progressent, mais les incidents persistent
Le lancement de la facturation électronique a pourtant été présenté comme une réussite par Bercy. Lors du premier comité de suivi, organisé le 8 octobre, le ministère de l'Action et des Comptes publics annonçait plus de 20 millions de factures échangées, représentant quelque 70 milliards d'euros. Au 4 octobre, 75 % des entreprises déclarant de la TVA avaient également désigné leur plateforme de réception.
Cette montée en charge se poursuit. Selon le baromètre Connect-Compta publié par Chift, 5,26 millions d'entreprises françaises étaient raccordées au réseau Peppol au 2 novembre. Pennylane domine le classement avec plus de 1,07 million d'entreprises, devant Indy (387 494) et Tiime (363 527). Ces chiffres, établis à partir du réseau Peppol et de la base Sirene, mesurent toutefois la capacité à recevoir des factures, et non les volumes réellement échangés ni la fiabilité des transmissions.
Un démarrage rapide, donc, mais pas exempt de difficultés. Dans son communiqué du 9 octobre, le ministère reconnaissait notamment des défauts d'interopérabilité entre certaines solutions, ainsi que des anomalies dans la transmission des statuts des factures, susceptibles de perturber les traitements automatisés.
Quelques semaines plus tard, Emmanuel Spinat, directeur de l'Agence pour l'informatique financière de l'État (AIFE), apportait des précisions dans un entretien accordé à IT for Business. Au lancement de la réforme, le taux de rejets avoisinait 12 %. Fin octobre, il était redescendu autour de 3 %.
Ce taux mesure les rejets pour non-conformité signalés à l'infrastructure publique dans les échanges entre plateformes agréées. Il ne correspond donc ni à la proportion de toutes les factures émises qui échouent, ni à celle des factures impayées. La progression est notable, même si les résultats restent inégaux selon les plateformes. L'AIFE entend désormais identifier celles dont les échanges présentent des taux de rejet anormalement élevés.
Un retour d'expérience publié le 7 octobre par CFAST, éditeur de logiciels de facturation notamment destinés aux opérateurs télécoms, permet d'illustrer ces incidents sur le terrain. Sur 3 662 factures suivies via la plateforme agréée iopole, l'entreprise avait recensé 113 incidents : 86 rejets par une plateforme, 24 refus par des clients et trois litiges commerciaux. Il s'agit d'événements, une même facture pouvant en cumuler plusieurs. Au moment du bilan, 68 incidents restaient ouverts.
Ces résultats concernent uniquement les flux de CFAST, dans un secteur particulier et via une seule plateforme émettrice. Ils ne sont donc pas représentatifs de l'ensemble du marché, mais éclairent la nature des blocages. Près de six incidents sur dix provenaient de problèmes d'adressage : entreprise absente de l'annuaire, changement de plateforme non répercuté ou destinataire incorrect. L'émetteur pouvait ainsi avoir correctement établi sa facture sans qu'elle atteigne le bon destinataire.
Voici les trois plateformes les plus plébiscités par les entrepreneurs depuis la réforme de la facturation électronique.
- Plateforme tout-en-un
- Collaboration native avec les experts-comptables
- IBAN français inclus dans tous les abonnements payants
- Formule gratuite réellement fonctionnelle avec IBAN français, carte Mastercard et facturation électronique conforme à la réforme 2026
- Catégorisation automatique de plus de 90 % des transactions, avec détection de TVA
- SAV entièrement basé en France
- Gestion comptable automatisée
- Interface intuitive
- Lié aux banques en ligne
D'autres incidents étaient purement techniques. CFAST rapporte notamment le cas d'un opérateur dont 17 factures destinées à des pharmacies ont été rejetées en quelques minutes, à cause d'un échec d'export vers la plateforme réceptrice. Une seule anomalie informatique avait suffi à bloquer tout un lot.
Pour éviter que ces incidents ne perturbent les paiements, l'administration a néanmoins prévu une solution transitoire. Emmanuel Spinat confirme que la Direction générale des Finances publiques (DGFiP) autorise l'envoi d'un duplicata par les anciens circuits de facturation, notamment par courriel, en parallèle de l'émission électronique obligatoire. Cette souplesse permet de maintenir les échanges habituels avec les clients lorsqu'une facture rencontre un problème technique.
Elle ne dispense toutefois pas les entreprises de passer par le circuit électronique prévu par la réforme. Quant à sa durée, elle reste à préciser : la DGFiP doit encore communiquer sur les conditions de sortie de cette période transitoire.
Des factures rejetées aux paiements retardés, le Sénat demande des comptes
C'est précisément la crainte de voir ces anomalies informatiques se transformer en difficultés financières qui motive l'intervention de Ronan Le Gleut. Dans sa question écrite publiée le 5 novembre, le sénateur Les Républicains décrit des factures rejetées par les plateformes, puis transmises par courrier électronique pour contourner les blocages. Une pratique qui correspond en partie à la tolérance accordée par la DGFiP, à condition que l'émission électronique obligatoire soit maintenue en parallèle.
Selon les situations qui lui ont été signalées, les règlements échoueraient parfois à leur tour en raison de dysfonctionnements informatiques. Le parlementaire évoque des factures impayées, une trésorerie fragilisée et des frais bancaires supplémentaires. Il demande au gouvernement s'il envisage de suspendre les prochaines étapes de la réforme tant que l'interopérabilité ne sera pas garantie, ainsi que les mesures prévues pour préserver les circuits de paiement.
Le constat est préoccupant, mais si les rejets techniques sont documentés, leur traduction en retards de paiement effectifs reste impossible à mesurer à ce stade. Une facture rejetée peut être corrigée et transmise à nouveau, tandis qu'un refus formulé par un client peut relever d'un litige commercial sans rapport avec le fonctionnement des plateformes.
L'AIFE le reconnaissait elle-même fin octobre : les données disponibles ne permettaient pas encore de produire des statistiques suffisamment significatives sur les encaissements. D'une part, les factures sont souvent réglées à 30 jours, ce qui impose un certain recul. D'autre part, les plateformes se sont d'abord concentrées sur l'émission et la réception des documents, plutôt que sur la remontée des statuts de paiement.
Emmanuel Spinat estimait que ces données commenceraient à devenir exploitables à partir de novembre, soit dans les prochaines semaines. Elles devraient permettre de vérifier si les anomalies observées dans la circulation des factures se traduisent réellement par des retards de règlement, et dans quelles proportions.
Le calendrier de la réforme, lui, reste inchangé. Depuis le 1er septembre 2026, toutes les entreprises assujetties à la TVA doivent être capables de recevoir des factures électroniques. Les grandes entreprises et les entreprises de taille intermédiaire sont également tenues de les émettre pour les opérations concernées. Les PME et microentreprises suivront à partir du 1er septembre 2027, avec la montée en charge de la transmission des données à l'administration.
D'ici là, le défi ne sera pas seulement de raccorder davantage d'entreprises aux plateformes agréées. Il faudra aussi s'assurer que les factures circulent correctement jusqu'à leur destinataire et que les entreprises puissent être payées sans difficulté. Car si les taux de rejet diminuent, une facture bloquée reste un problème bien concret pour l'entreprise qui attend son règlement.
