Dans les faits, la documentation est conçue à partir des classes, des annotations et de la structure des données de votre code source. Vous pourrez aussi générer différents diagrammes et graphes représentant les relations et la hiérarchie entre les différents éléments de votre programme.
Doxygen peut ainsi créer de la documentation aux formats HTML, XML, RTF, PostScript ou encore PDF. Le logiciel existe également sous Mac OS et Linux.
