L'interface de PDF2EXE permet de configurer les paramètres du fichier final. On peut ainsi activer ou désactiver de nombreuses options : mode plein écran, impression, exportation sous la forme d'une image, compression et cryptage du fichier PDF, ou encore affichage des différentes barres d'outil. L'exécutable obtenu se présente alors comme un lecteur PDF intégrant le document, que vous pouvez lire depuis n'importe quel PC sous Windows.
