Seize virus conçus de zéro par un modèle d'intelligence artificielle fonctionnent réellement. Certains font même mieux que l'original naturel. Rassurez-vous tout de suite : leurs cibles sont des bactéries, pas vous.

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Les bactériophages ne datent pas d'hier. Ces virus qui ne s'attaquent qu'aux bactéries relèvent d'une découverte française vieille de plus d'un siècle, longtemps délaissée au profit des antibiotiques, puis ressortie des tiroirs à mesure que ces derniers perdaient en efficacité. L'étude publiée ce jeudi dans la revue Science ajoute un étage à l'histoire. Une équipe de l'université Stanford a demandé à un modèle d'IA d'en dessiner de nouveaux, et seize d'entre eux fonctionnent pour de bon.

Trois cents essais, seize survivants

Le modèle utilisé s'appelle Evo. Contrairement aux outils qui prédisent la forme d'une protéine isolée, celui-ci écrit des génomes entiers, ce qui revient à passer de la sélection de graines existantes à la rédaction directe du plan de la plante. Les chercheurs ont généré des milliers de génomes candidats, en ont synthétisé chimiquement près de trois cents, puis les ont testés en conditions de laboratoire. Seize se sont révélés viables, et trois d'entre eux surpassent le phage naturel qui servait de modèle pour venir à bout de la bactérie Escherichia coli.

Un préprint déposé en septembre dernier annonçait déjà la couleur avec 302 candidats, mais la validation par les pairs change la portée de l'affaire. Le commentaire d'accompagnement publié dans la même revue par deux chercheurs de Johns Hopkins pose le problème sans détour : la capacité existe, la gouvernance qui devrait l'encadrer, beaucoup moins. Les entreprises qui fabriquent de l'ADN sur commande vérifient aujourd'hui les séquences et l'identité de leurs clients sur une base volontaire, aucune loi américaine ne les y obligeant. Les deux auteurs réclament précisément cette obligation légale.

Une accélération de la recherche, mais toujours les mêmes gardes-fou

L'antibiorésistance tue déjà un million de personnes par an, et des prévisions la placent en 2050 comme première cause de mortalité devant le cancer, selon la directrice technique de la start-up francilienne Phagos. Cette jeune pousse développe justement des traitements à base de phages en s'appuyant sur l'intelligence artificielle, un travail que nous avions détaillé lors de notre rencontre avec ses fondatrices.

Le verrou historique de la phagothérapie tient en une phrase : un phage, c'est une clé taillée pour une seule serrure. Là où un antibiotique balaie des dizaines d'espèces bactériennes d'un coup, chaque phage ne reconnaît qu'une souche précise, ce qui a longtemps rendu son usage clinique impraticable. Un modèle capable d'écrire des génomes à la demande attaque exactement ce problème, en promettant de tailler la clé plutôt que de la chercher dans un trousseau naturel. C'est la même logique qui pousse les géants du cloud à industrialiser la découverte de traitements par IA générative.

Le résultat le plus parlant de l'étude tient d'ailleurs à ce terrain précis. En combinant plusieurs de leurs phages générés en un cocktail, les auteurs sont venus rapidement à bout de souches d'E. coli qui avaient développé une résistance au phage d'origine. Autrement dit, quand la bactérie s'adapte, la machine peut réécrire une clé plus vite qu'elle ne change de serrure.

L'inquiétude exprimée par une partie de la communauté scientifique porte sur le principe, pas sur ces seize phages. Aucun des virus décrits dans l'étude ne peut infecter une cellule humaine, et les auteurs ont travaillé sur une famille bien connue, précisément parce qu'elle est inoffensive pour nous. Ce qui préoccupe, c'est la démonstration que la marche est franchissable, et que rien n'oblige la prochaine équipe à choisir une cible aussi sage.