Le dossier doit maintenant retourner au Parlement européen, qui, en première lecture, avait affiché sa position contre les brevets logiciels. Un véritable bras de fer entre les parlementaires européens et le Conseil européen semble donc se mettre en place dans cette affaire.
Les brevets logiciels ont provoqué un véritable tollé dans le monde et en Europe. En effet, ils pourraient permettre d'autoriser d'éventuelles revendications sur les programmes informatiques et donc justifier des attaques en justice de n'importe quel auteur, utilisateur, distributeur de logiciels qui emploierait une quelconque fonctionnalité/technologie/principe informatique brevetés. Par exemple, outre-atlantique, on a déjà entendu parler de brevets sur le caddie électronique !