Le WinFS qui sera introduit avec le système Longhorn sera donc une extension du système de fichier NTFS, qui utilisera les technologies SQL et XML pour simplifier les recherches et la gestion des fichiers.
Le fait d'employer une gestion NTFS avec WinFS devrait permettre à certaines applications "anciennes" de fonctionner sous Longhorn. Bien entendu, Microsoft pourrait à terme faire disparaitre complétement le système NTFS avec l'après Longhorn.