Au fur et à mesure des installations et désinstallations successives, la base de registre de Windows peut compromettre les performances du système. Pour la nettoyer, on peut faire notamment appel à des logiciels « tout en un » comme
TuneUp Utilities 2010 mais certains outils gratuits, comme ce RegSeeker, existent également.
Le logiciel, qui ne nécessite aucune installation, propose plusieurs options dont la principale nettoie le registre des entrées inutilisées par le système, en incluant ou excluant certains types de clé (HKEY_CLASS_ROOT, HKEY_USERS, ActiveX ...). Cette manipulation est néanmoins à ne pas réaliser à la légère, le risque d'effacer des informations nécessaires étant toujours existant. Une option à cocher permet néanmoins de sauvegarder le registre avant le nettoyage et ainsi de sauver les meubles si d'aventure votre système se comportait anormalement après l'opération. RegSeeker propose également un certain nombre de « tweaks » que l'on peut cocher ou décocher à loisir (activation de l'autorun, ajout d'une option « ouvrir avec notepad » dans le menu contextuel, paramétrage du nombre de lignes défilant avec la molette ...), ainsi que la possibilité de contrôler les entrées de démarrage à la manière d'
Autoruns.