Traquer les doublons qui résident sur votre disque dur, telle est la tâche de CloneSpy. Pour ce faire, le logiciel propose de scanner un ou plusieurs répertoires de votre disque à la recherche de fichiers identiques (c'est à dire partageant la même somme), le même nom ou approximativement la même
taille.
Pour les fichiers détectés, vous pouvez les effacer automatiquement selon plusieurs critères (le plus ancien, celui au nom le plus court, le plus petit ...), exporter une liste de ces fichiers ou demander confirmation de la suppression pour chaque fichier détecté. Dans ce cas, une fenêtre apparaît et vous permet notamment d'exécuter le fichier sélectionné pour vérifier qu'il s'agit bien d'un doublon ou d'explorer son dossier. CloneSpy offre également la possibilité de constituer deux groupes contenant chacun un ou plusieurs dossiers. Vous pouvez alors scanner l'un ou l'autre, ou comparer les deux.