Malgré l'omniprésence de l'explorateur de fichiers de Windows, celui ci peut s'avérer trop basique pour certains utilisateurs. PowerDesk Pro propose des fonctionnalités plus avancées, notamment au niveau de la navigation. La présence de deux panneaux permet de visualiser le contenu de deux répertoires simultanément. Ceux ci peuvent être affichés horizontalement et verticalement, avec ou sans arborescence, ou permutés. Un aperçu est disponible pour plus de 150 formats de fichiers, notamment les fichiers PDF, Word ou Powerpoint, vous permettant de prévisualiser vos documents.
Le logiciel intègre également un gestionnaire
FTP, un outil de compression/décompression, et permet de synchroniser vos répertoires entre plusieurs PC (bureau, portable...), de gérer vos fichiers MP3 ainsi que vos photos, ou encore de sécuriser vos fichiers grâce à une fonctionnalité d'encryption.