Les sites comme Paypal ne contactent jamais les banques directement, les banques etant de nature plus ou moins mefiante (ok ils sont carement parano) il ya tres peux de chance pour qu'une banque offre ce type de service (genre d'API pour faire des transfert electronique).
Pour contourner le probleme Paypal utilsie VISA, qui lui a access a la plus part des banques et offre deja tout une panoplie de protocoles (et une securité blindée) pour faire des payements online.
En realité Paypal n'est qu'un magazin online, on fait des achats (qui sont crédité sur un compte virtuel) et apres on fait ce qu'on veut avec l'argent (transfert, etc...), une fois qu'on veut recuperer l'argent virtuel en argent reel paypal peut soit le crediter via VISA ou on peut te faire un espece de virement (qui lui ne doit etre envoyé qu'a la banque ou paypal a ses comptes).
Donc pour ton projets tu dois te renseigner chez VISA pour voir comment font les online store et mettre en place tout un petit systeme de banque virtuel (voir son compte, transfert, debit, credit, etc ...) puis voir avec ta banque comment envoyer des virement online ou du moins automatiquement (la plus part des banques offrent le service pour les societes).
Si tu ne veux pas etre dependent que de VISA (ou Mastercard) tu dois mettre en place un systeme qui permet aux gens de te faire un virement sur le compte de ta societe, ce qui est plus long qu'une transaction VISA et qui demande une certaine confiance des gens (ils envoient de l'argent un peut a l'aveugle).