SUPER dont voici un premier
tuto pour encoder les formats les plus courant, un deuxième
tuto, plus général.
Dans la même lignée, tu as aussi
MediaCoder (dont il faut télécharger quelques codecs supplémentaires et
GX::Transcoder qui est peut être le moins intuitif.
Personnellement, j'ai un petit faible pour SUPER, mais certains n'aiment pas trop l'interface : à toi de voir.
NB : il convient de renseigner pas mal de champs sur tous les programmes : résolution, codecs, containers, frames... Renseigne toi bien avant ou fait des tests^^