Je ne pense pas que tu trouveras quelque chose pour supprimer automatiquement tes doublons, ne serait-ce que parce qu'il faut bien choisir l'emplacement dans lequel tu vas le conserver, le programme ne peut pas le deviner.
Maintenant, si tu travailles en deux temps (détection + effacement), tu peux t'écrire toi même ton programme, ce n'est pas très difficile.
Moi je réalise régulièrement l'opération inverse (mettre sur le disque des fichiers en provenance d'une source externe, à condition qu'ils n'y figurent encore pas) mais la méthode reste plus ou moins la même.
Avec excel + VBA, ca donnerait la chose suivante
1- tu listes l'ensemble de tes fichiers en mode commande (DIR /S) et tu rediriges le résultat dans un fichier texte.
(Bien sûr, tu n'utilises pas le mode commande direct, tu utilises la fonction Shell du VBA)
2- tu charges le fichier résultat dans une feuille excel et tu supprimes les lignes non significatives de manière à ce qu'il ne reste que les noms complets de fichier (dans la colonne A)
3- dans la colonne B, tu extrais les noms relatifs uniquement (suppression du path)
4- tu tries sur la colonne B ; tu peux éventuellement mettre les doublons en évidence, ou supprimer les lignes qui ne doublonnent pas
5- dans la colonne C, tu marques (manuellement) les lignes correspondant aux fichiers à conserver
6- Avec un bouton macro, tu lances la procédure de suppression en te basant sur la colonne A
