Comment réorganiser des fichiers sortis de leurs dossiers par FileZilla?

Récemment, j'ai téléchargé sur mon ordinateur l'intégralité de ma page perso (http://secureload.free.fr) en vue d'une sauvegarde, par FTP via FileZilla.
Quelques jours après, un crash au niveau du serveur de free m'hébergeant rend ma page complètement inaccessible, via son url et le ftp.
Hier, je souhaitais remettre en ligne ma page perso, et quelle mauvaise surprise!
Je constate que les fichiers sont complètement désorganisés:
les fichiers ppt se trouvent classés dans le répertoire intitulé".doc", les fichiers .doc dans le répertoire suivant et ce pour tous mes fichiers.
Je constate un décalage du contenu dans l'arborescence des répertoires, ce qui rend totalement irréalisable l'utilisation des fichiers par la base de donnée.
Un classement manuel de chacun des fichiers à se place prendrait un temps phénoménal, de plus, je ne connais pas par coeur l'emplacement de chacun des fichiers utiles à spip.
Existe-t-il une solution pour réorganiser tout cela?

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Désolé, la question est publiée une deuxième fois, c'est suite à un problème d'identification sur clubic, le message à été récuperé...

Tu n'as pas beaucoup de solutions, classement manuel, ou bien ré-up de ta sauvegarde.