C'est une des joyeusetés qui m'ont fait migrer des liaisons numériques vers l'analogique pour la lisaison PC / ampli
En gros tu n'as pas trop à t'inquiéter pour ce "clac" comme tu l'as déduit c'est quand l'ampli se cale sur un nouveau format de signal. Avant ton formatage les drivers son devaient être réglés pour envoyer un format numérique en continu, maintenant ils n'envoient des informations que au coup par coup : PCM pour les sons Windows, numérique et multicanal pour MPCHC si tu l'as correctement réglé.
C'est surtout plus énervant que dangereux, mon Harman a fait ca pendant près de 10 ans et aux dernières nouvelles son nouveau papa en est très content. Si tu as l'impression que certaines actions Windows font juste "clac", c'est que le son système associé est trop bref (autrement dit le "clac" dure plus longtemps que le son joué...). La première chose à faire pour t'éviter de devenir fou est de désactiver les sons système correspondant à la navigation, ca réduira de 90% les bruits intempestifs.
Ensuite c'est une question de réglage des drivers et là ca va être coton, c'est un peu différent pour chaque constructeur...